La creación de este espacio viene de la mente del Rey de ese momento, Felipe II, en el año 1556. Pero no fue hasta 1565 cuando se empezó a formar la biblioteca. Los primeros textos que albergó fueron parte de la colección de Felipe II y, un año más tarde, comenzaron a llegar diferentes libros de la ya mencionada colección, como otros pertenecientes a aquellos que querían colaborar en la creación de esta biblioteca.

Es una de las bibliotecas más bonitas e importantes de España por su diseño y por el gran volumen de obras que tiene. Se estime que hay unos 40.000 libros impresos, más los 4.000 manuscritos árabes, 580 griegas, 72 hebreos y más de 2.000 latinos. Todos estos, forma parte de la gran colección de la Laurentina. Además, se conservan más de 300 certificados de autenticidad de las reliquias que recibía Felipe II, y que muchas de ellas fueron a parar a esta misma biblioteca. Entre todas estas obras, se pueden destacar algunas auténticas joyas como Etimologías u Orígenes (del siglo IX), de Isidoro de Sevilla; el Itinerario (siglo VII), del emperador Antonino; o los Comentarios al “Apocalipsis” (siglo IX), de Beato de Liébana.

Es importante hacer una mención a la impresionante arquitectura del edificio. La sala principal de la biblioteca cuenta con una bóveda de cañón y mide alrededor de 54 metros de largo. Este impresionante espacio cultural se encuentra dividido en siete zonas, cada una de ellas decorada con pinturas al fresco que representa cada una de las siete artes liberales (Gramática, Retórica, Dialéctica, Aritmética, Música, Geometría y Astrología). Por último, cabe destacar las impresionantes estanterías de madera, donde se siguen manteniendo todos los libros. 

- Juan Páez de Castro, que fue la persona que tuvo la idea de fundar esta biblioteca junto con Felipe II, intentó convencer a este último para fundarla en Valladolid. Pero Felipe rechazó esta y otras muchas propuestas, pues, al parecer, tenía decidido ya dónde quería construirla.

- Como se ha mencionado anteriormente, los primeros libros llegaron en 1565, pero no fue hasta seis años más tarde cuando El Escorial empezó a estar habitado.

- El salón alto (salón que hace de segunda planta encima del salón principal), sirvió durante más de cinco años para guardar aquellos libros que se calificaban como prohibidos (entre 1588 y 1593). Después de 1593, además de para guardar libros prohibidos, este salón también sirvió para guardar los libros duplicados.

- El actual salón de manuscritos, antes de que se fundara la biblioteca, servía como espacio para la ropería del monasterio.